L'abbaye de Kells a été fondée à l'origine par Saint Colomba probablement en 554. Une refondation, selon certains historiens, intervint au début du IXe siècle, effectuée par des moines de Colomban fuyant Iona qui était la proie de pillages répétés de la part de Vikings. La colline où se situe l'abbaye accueillait auparavant un fort irlandais. En 814, Cala, Abbé de Iona, se retira à Kells. Après de nouveaux pillages vikings, le tombeau de Saint Colomba a été transféré à l'abbaye de Kells. Les historiens actuels pensent que le Livre de Kells pourrait avoir été commencé à Iona et achevé à Kells, ou écrit entièrement à Kells par des générations successives de moines.
Les Vikings pillèrent continuellement l'abbaye pendant le Xe siècle. Malgré ces raids constants, les moines purent préserver le livre de Kells jusqu'en 1006 où il a été volé dans le tombeau. Une référence dans les Annales d'Ulster concerne le vol du livre de Kells et précise que le manuscrit a été rendu après deux mois sans sa couverture. L'enlèvement forcé de la couverture explique probablement les illustrations manquantes au début et à la fin du livre.
Le livre fut conservé à l'abbaye pendant le reste du Moyen-Âge. Comme la pratique était courante pendant cette période, au XIIe siècle, le détail des terres dépendantes de l'abbaye fut inscrit dans les pages blanches du livre de Kells. Ces ajouts constituent la première référence confirmant sa présence à l'abbaye. Au cours du XIIe siècle, le monastère fut dissout et l'abbaye devint une église paroissiale tandis que le livre de Kells continua à y être conservé, des propriétaires terriens catholiques acquirent la terre.
Le livre de Kells resta à Kells jusque dans les années 1650 lorsque les troupes de Cromwell postés dans la ville l'emportèrent à Dublin pour le garder en sécurité. En 1661, le livre de Kells finit au Trinity College où il resta depuis lors.
